Пакет Geomnet - ошибка с пользовательскими координатами

После тщательного анализа кода geom_net я обнаружил, что понимание того, как работает geomnet:::StatNet$compute_network, имеет основополагающее значение для решения вашей проблемы.

Ввод

geomnet:::StatNet$compute_network(data=fromto, layout.alg =NULL)

дает (неправильный) результат:

# A tibble: 21 x 7
# Groups:   from, to [21]
     from     to     x     y  xend  yend weight
   <fctr> <fctr> <int> <int> <int> <int>  <int>
 1     z1     z3    NA    NA    NA    NA      1
 2     z1     z5    40    30    10    50      1
 3    z10     z6    40    90    30    60      1
 4    z10     z8    NA    NA    NA    NA      1
 5    z11     z7    60    70    50    50      1
 6     z2    z10    20    30    40    90      1
 7     z2     z4    NA    NA    NA    NA      1
 8     z3     z5    NA    NA    NA    NA      1
 9     z3     z9    15    30    20    80      1
10     z4     z6    60    30    30    60      1
# ... with 11 more rows

Внутри geomnet:::StatNet$compute_network важным шагом является построение матрицы edgelist:

net <- network::as.network(na.omit(fromto[, 1:2]), matrix.type = "edgelist")
summary(net)
( edgelist <- sna::as.edgelist.sna(net) )

Результат:

### summary(net)
Network adjacency matrix:
    z1 z10 z11 z2 z3 z4 z5 z6 z7 z8 z9
z1   0   0   0  0  1  0  0  0  0  0  0
z10  0   0   0  0  0  0  0  0  0  1  0
z11  0   0   0  0  0  0  0  0  1  0  0
z2   0   0   0  0  0  1  0  0  0  0  0
z3   0   0   0  0  0  0  1  0  0  0  0
z4   0   0   0  0  0  0  0  0  0  1  0
z5   0   0   0  0  0  0  0  0  0  0  1
z6   0   0   0  0  0  1  0  0  0  0  0
z7   0   0   0  0  0  1  0  0  0  0  0
z8   0   0   0  0  0  1  0  0  0  0  0
z9   0   0   0  0  0  0  1  0  0  0  0

### edgelist
      [,1] [,2] [,3]
 [1,]    1    5    1
 [2,]    4    6    1
 [3,]    5    7    1
 [4,]    6   10    1
 [5,]    7   11    1
 [6,]    8    6    1
 [7,]    9    6    1
 [8,]   10    6    1
 [9,]   11    7    1
[10,]    2   10    1
[11,]    3    9    1
attr(,"n")
[1] 11
attr(,"vnames")
 [1] "z1"  "z10" "z11" "z2"  "z3"  "z4"  "z5"  "z6"  "z7"  "z8"  "z9" 

В первой строке матрицы смежности мы видим, что z1 и z3 (правильно) связаны, но метки строк-столбцов упорядочены по символьному значению, не принимая во внимание, что метки содержат встроенные числа, которые (на наш взгляд) должны быть отсортированы в числовом виде. .

Функция sna::as.edgelist.sna опирается на позиции строк и столбцов, а не на их метки, поэтому в первой строке вывода она дает [1,] 1 5 1. Это явно неправильно.

Эти соображения подсказывают возможное решение: избегать меток вершин со встроенными числами и использовать (например) только буквы алфавита:

fromto$from_id <- LETTERS[as.numeric(gsub("z","",as.character(fromto$from_id)))]
fromto$to_id <- LETTERS[as.numeric(gsub("z","",as.character(fromto$to_id)))]
fromto

#    from_id to_id  x  y
# 1        A     C 40 30
# 2        B     D 20 30
# 3        C     E 15 30
# 4        D     H 60 30
# 5        E     I 10 50
# 6        F     D 30 60
# 7        G     D 50 50
# 8        H     D 65 50
# 9        I     E 20 80
# 10       J     H 40 90
# 11       K     G 60 70

library(geomnet)
ggplot(data=fromto, aes(from_id=from_id, to_id=to_id)) +
  geom_net(aes(x=x, y=y),layout.alg = NULL)+
  geom_text(aes(x=x, y=y, label=from_id), hjust=-1)